Оба слова правильные.
Кровля — внешнее покрытие крыши. Обычно означает основной материал, используемый для защиты крыши от осадков и воздействия окружающей среды.
Крыша — вся конструкция над зданием, включая кровлю, каркас, изоляцию и другие элементы.